Los objetivos de la caracterización genética es atreves de la generación de un perfil genético por medio de marcadores moleculares:
-medir la diversidad genética
-basquear relaciones genéticas entre razas lejanas o parecida
-detectar cruces y flujo de animales
-basquear la estructura genética como variedades localmente adaptadas
-asignación de individuos a razas o grupos
Para alcanzar estos objetivos se necesita además del perfil genético de la población/animal en estudio, de un amplia base de datos de razas utilizados como outgroup y comparación. Por ejemplo para asignar un cerdo a la raza Ibérica utilizamos una base de datos que recoge los perfiles de todas las variedades del Ibérico en España y todos los cerdos comerciales o locales criados en España. Nuestro laboratorio dispone de un amplia variedad de perfiles genéticos en la especie ovina, caprina, bovina, porcina, equina.